1. 样品准备问题
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常见问题
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具体情况
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可能的原因
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解决办法
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菌不长
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抗性不对
菌已死或接近衰亡
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核对抗性，提供载体信息，提供新鲜菌液，越新鲜越好，运输储存不要高于4度，不超过5天。
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或菌培养条件特殊
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重新提供菌液，或提供2ug纯化质粒。
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质粒提不出或量少
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菌污染，质粒拷贝数低，没挑到质粒，培养方式特殊
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重新挑克隆送样，采用通用的方法，客户采取大量提取的方法提供2ug纯化质粒，
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自带质粒或已纯化PCR产物量极低
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电泳法定量，总量不足
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送样品时要取2ul，在1％的琼脂糖凝胶下鉴定，有清晰的一条带，再送。不符合条件测不好或测不出。
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PCR原液
无法回收
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电泳检测浓度太低或非特异性条带太多
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检查所用试剂是否有问题，引物特异性及质量，如排除以上问题可以调整反应体系重新实验，保证扩增出来的条带电泳检测单一、清晰。
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2. DNA测序样品用什么溶液溶解比较好？
答：溶解DNA测序样品时，用灭菌蒸馏水溶解最好。DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应，需要一个最佳的酶反应条件，如果DNA用缓冲液溶解后，在进行了测序反应时，DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体系条件，造成Taq酶的聚合性能下降。 有很多客户在溶解DNA测序样品时使用TE Buffer。虽然TE Buffer能增加DNA样品保存期间的稳定性， 但TE Buffer对DNA测序反应有影响，根据我们的经验，我们还是推荐使用灭菌蒸馏水来溶解DNA测序样品。
3. 提供DNA测序样品时，提供何种形态的比较好？
答：我们推荐客户提供菌体，由我们来提取质粒，这样DNA样品比较稳定。 如果您要以提供DNA样品，我们也很欢迎，但一定要注意样品纯度和数量。 提供的测序样品为PCR产物时，特别需要注意DNA的纯度和数量。PCR产物应该进行切胶回收，否则无法得到良好的测序效果。 有关DNA测序样品的详细情况请严格参照“测序模板的要求”部分的说明。
4. 提供的测序样品为菌体时，以什么形态提供为好？
答：一般菌体的形态有：平板培养菌、穿刺培养菌，甘油保存菌或新鲜菌液等。我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。 平板培养菌运送特别不方便，我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎，面目全非，需要用户重新寄样。这样既误时间，又浪费客户的样品。一 旦是客户非常重要的样品时，其后果更不可设想。而甘油保存菌则容易污染。 制作穿刺菌时，可在1.5ml的Tube管中加入琼脂培养基，把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基（固体）中，37℃ 培养一个晚上后便可使用。穿刺培养菌在4℃下可保存数个月，并且不容易污染，便于运送。再一夏天运输样品时一定要用冰盒冰袋。
5. 与测序引物有关的问题：
答：对于通用测序引物，只要正确使用，一般不会有太大问题，测序引物问题主要发生在客户自己提供的PCR引物上。应该明确的一点是并不是所用的用于PCR的引物都可以用来作测序，以下几种PCR引物将是不适 合用作测序引物的：
· 简并引物， 简并引物必然要在测序模板上有多个结合位点，直接影响测序结果。
· 随机引物，如RAPD引物， 随机引物一般都比较短，所用退火温度低，在测序反应的条件下，不能很好地与模板结合。
· 过长的引物，一般要求测序引物不大于24bp，最长不能超过30bp。 过长的引物在测序反应的较低的条件下容易在测序模板上有多个结合位点，导致测序结果背景增高。另外，较长的引物纯度也将难以保证。通常用于测序的引物纯度要在90%以上，引物纯度低时，测序反应的背景将明显增大，直接影响到测序结果。
· 有特殊标记的引物，该情况主要指荧光标记的引物。我们测序反应的四种碱基都是荧光标记的，这样，荧光标记的引物将产生干扰。另外，其他一些有大的标记基团的引物也最好不要用于测序。引物上大的标记基团将直接影响到DNA 片段的迁移率，导致测序结果峰型不好或错误。
· 不纯的引物， 测序引物对纯度的要求很高，合成的引物中非全长的片段可以造成较强的背景。以一个20bp的测序引物为例， 直接脱盐纯化的话，纯度至多在70%左右，也就是说将有30%的引物将作为背景噪音，这必将严重影响测序结果。 一般经PAGE或OPC法纯化的引物基本能达到测序的要求。