13. Oligo DNA片段退火后不能连接到载体上是什么原因?
连接反应需要引物的5’磷酸基团。如果需要将合成的引物退火直接连接相应的载体上,引物需要磷酸化。磷酸化的产物如果还不能连接载体上,需要检查载体的酶切效果,需要改善引物退火的条件。SiRNA分子具有特殊的对称结构,退火的难度较大,退火时需要提高退火温度。
14. 一般的合成 Oligo DNA 的 5‘ 和 3‘ 末端有磷酸基团吗?
没有磷酸基团, 5‘ 和 3‘ 末端均为 - OH 基。如需要加磷酸基团,订货时请特别注明,此时需收取磷酸化的费用。
15. Oligo DNA 最长可以合成多少个碱基?
引物越长,出现问题的概率就越大。以每步反应效率为 99% 进行计算,粗略计算合成到 100 个碱基时,目的 DNA 片段的比例便为 0 。 但有些厂家曾报道合成了 150mer 的Oligo DNA片段。三博公司也曾合成过120mer左右的Oligo DNA 制品。但根据我们的经验,要想保证合成DNA 的碱基 90% 正确,Oligo DNA的长度最好不要超过70mer,80mer以上要想保证一个碱基都不错就非常危险了,须十分注意。
16. 如何提高引物的纯度?怎样才能保证 Oligo DNA 的正确性?
· 合成 Oligo DNA 时,选用高纯度级制品;
· 避免使用大于50mer 的长链 Oligo DNA ,最好选用小于 35mer 的合成 DNA 制品。不要超过2OD,60个碱基以上最好不超1OD,国内有一个不好的现象,长链引物要的量都比较大,导致割的条带比较宽,建议您减少OD数,引物遇到的问题可能就会少一些;
· 进行克隆实验时,每次克隆都须进行测序验证,以保证序列的正确性,然后再进行进一步实验,进行蛋白表达实验时,尤其需要注意。
17. 进行蛋白表达实验数个月不成功,后经测序发现引物处有错误,怎么办?
· 表达实验之前一定要对 DNA 序列进行验证,这是实验的常识;
· 我们可以免费重新合成引物;
· 如进行索赔时,按国际行业惯例,索赔范围限于制品价格范围之内。
18. 如果测序发现引物突变,是否有补偿?
我们可以免费重合一次引物,没有其他补偿或赔偿,不能承担其他连带责任,这是国际行规。原因我们在前面已提到,化学合成准确率(或纯度)不可能达到100%,客户样品的纯度关系也很大,我们总结使用引物错误的概率有1%左右,关于这方面的信息在每个产品说明书里都有事先说明。